Все существующие микробные производства условно делятся на три типа. В первом случае имеется в виду то, что основано на применении живой либо инактивированной биомассы микроорганизмов. Несмотря на сложное определение под ним кроются винные, кормовые и пекарские дрожжи, вакцины, средства, предназначенные для защиты растительных культур, закваски для кисломолочных продуктов или силосования, удобрения для почвы и др.
Второе микробное производство изготавливает продукцию биосинтеза — гаприн. Третий вид создаётся при помощи брожения, гниения либо утилизации отходов, в результате чего можно получить углеводы, биогаз, этанол и др. Таким образом, налаживается производство органических кислот, спиртов, растворителей и др.
Восполнение недостатка белка как для человека, так и для животного является одной из насущных проблем на сегодняшний день. Те источники пищи, которые используются на постоянной основе, не покрывают существующие потребности. Именно поэтому было открыто дополнительное направление в микробиологии, цель которого — применение продуцентов белка из микроорганизмов. Преимущество такого решения заключается в возможности использовать тот микробный белок, который в большой концентрации содержится в биомассе. Свою роль играет также внушительная скорость роста микроорганизмов, они способны во много тысяч раз оперативнее синтезировать белок по сравнению с животными, таким образом, пищевой белок можно получать от различных микроорганизмов, будь то дрожжи, грибы, бактерии или водоросли. Дополнительно в них содержатся нуклеиновые кислоты, витамины, жиры и минеральные компоненты. В качестве одного из вероятных источников получения белка, пригодного для питания могут выступать белковые изоляты, выделенные из зелёной биомассы того или иного типа, включая табак.
Для того чтобы выделить белок одноклеточных микроорганизмов, дополнительно используются субстраты различного происхождения, начиная от водорода этанола и парафинов нефти и заканчивая отходами сельского хозяйства, содержащими в составе целлюлозу. Если речь идет о промышленном использовании, то наиболее перспективными в этом плане становятся термофильные организмы, рост которых происходит при повышенных температурах. Отдельные бактерии способны производить целый перечень незаменимых аминокислот, большинство из которых отправляется в пищевую промышленность и животноводство. Другая доля подходит для изготовления искусственных подсластителей, отдельные из которых в десятки раз слаще глюкозы.